1938 թվականի հուլիսի 18-ին, Երևանում, ճիշտ իր ծննդյան օրը՝ 44 կամ 48 տարեկան դառնալու ճանապարհին, հրացանի ձգանը քաշվեց Վահան Թոթովենցի վրա։ Նա գրում էր, որ ծնվել է 1894 թվականին, սակայն կան ծանրակշիռ հաշվարկներ, որոնք հօգուտ են 1890 թվականի։
Այս դատավճիռը, որը պետք է գործադրվեր անհապաղ, հիմնված էր աջ-տրոցկիստ, նացիոնալիստական կազմակերպությունների անդամ լինելու, լրտես-գործակալ լինելու և գրական ասպարեզում վնասակար մտքեր տարածելու մեղադրանքների վրա։ Դատարանը նրան դատապարտեց պատժի առավելագույն չափի՝ գնդակահարության, ինչպես նաև անձնապես պատկանող ունեցվածքի բռնագրավմամբ։
Այս պատմության մեջ, թերևս ամենից սոսկալին, եղել է քննիչների հետևյալ արձանագրությունը՝ «Գործում իրեղեն ապացույցներ չկան»։ Ստալինյան ռեժիմի կամակատար ստահակները, որոնք մի կտոր «անսուրբ հացի» դիմաց պատրաստ էին ամեն զազրելի արարքի, հաջողությամբ բուծվել էին ոչ միայն Սովետական երկրում, այլև Հայաստանում։ ՆԿՎԴ-ի ղեկավար Նիկոլայ Եժովը արդեն զեկուցել էր առաջնորդին Հայաստանում 700-ով ավելի մարդ գնդակահարելու հայկական առաջարկի մասին։ Շատ չանցած ստալինյան հանցագործ ծրագրերի տեղական կատարածուների՝ Աբուլյան, Գևորկով, Ակոպով, Աբգարով, Ինաեկյան, Մուղդուսի, Հարությունյան, Խվորոստյան և այլոց, պատժվելու հերթը անպայմանորեն եկավ։
Վահանը ձերբակալվել էր 1936 թվականի հուլիսի 20-ի գիշերով, Աբովեան փողոցի N 92 հասցեի իր տնից։ Տան խուզարկությունից հետո նրան անհայտ ուղղությամբ տարել էր ոմն Ա. Տոնիկյանը, ով 60-ականների սկզբին դարձավ նկարիչների միության տնօրեն։
Նրա վերջին ցանկությունը զավակին տեսնելն էր։ Հայրը և որդին հանդիպեցին մահապատժից առաջ։ Թոթովենցը նկարագրում է այն հուզիչ դրվագը, երբ երեխա ժամանակ, հանկարծ պատկերացրել էր, որ հայրը կարող է մահանալ և բաժանվել իրենից։ Իսկ հիմա, միանգամայն իրական ժամանակում, ինքն էր իր որդու դիմաց. ծնկի էր եկել, գրկել նրան, ինչ-որ բաներ ասել ականջին՝ արցունքները չկարողանալով զսպել։ Ով ո՞ւմ շապկի բույրն էր խոր շնչում, վերջին անգամ՝ ինքը՝ որդին, թե որդին՝ իր։ Երբ դահիճները հոգնեցին սպասելուց, ուժով երեխային պոկեցին հորից և տարան գնդակահարելու և մի մեծ, ընդհանուր փոսի մեջ կորցնելու համար։
Վահանը պարզորոշ հիշում էր, թե ինչ բծախնդրությամբ էր հայրը, կենդանության օրոք ապսպրել իր դագաղը՝ ընկուզենու փայտից, մաս-մաքուր, առանց խավի։ Նա հիշում էր, թե ինչպես էր իր չինար հասակով պառկել հատակին՝ քիրմանշահ գորգի վրա, որ փայտագործ Մարգարը չափուձև անի։ Հետո, որպեսզի ստուգի հարմարավետությունը, քանի անգամ էր մտել կիսապատրաստ դագաղի մեջ, որի համար մեկ գամ անգամ չէր օգտագործվել։ Երբ գործը խերով-բարով ավարտեց, Հովհաննեսը հարկ եղածին պես վճարեց հյուսն Մարգարին և լեցուց օղու բաժակները։ «Շնորհակալ եմ, հաջի էֆենդի, բարով…», քիչ էր մնում՝ սովորության համաձայն ասեր՝ «վայելես»։
Վահանի կինը շատ երկար ժամանակ չգիտեր, որ ամուսինը գնդակահարված է։ Նրան ստել էին, թե աքսորված է տաժանակրության 10 տարի ժամկետով՝ առանց նամակագրության իրավունքի։ 1937 թվականի օգոստոսի 15-ին ՆԿՎԴ-ի ղեկավար Ն. Եժովի կողմից ստորագրվել էր «Հայրենիքի դավաճանների ընտանիքի անդամների և երեխաների նկատմամբ բռնաճնշումներ իրականացնելու» մասին N 004486 հատուկ հրամանը։ Եվ Լուսիկ Հովսեփեան-Թոթովենցին՝ Վահանի կնոջը, տարան ի կատարումն այս հրամանի, 1937 թվականի դեկտեմբերի 30-ին, երբ պետանվտանգության շենքում շարունակվում էին Վահան Թոթովենցի ծանր ֆիզիկական, բայց առավել հոգեկան կտտանքները՝ «խոստովանություն» կորզելու համար։ Բարեբախտաբար 14-ամյա Լևոնին ձեռք չտվեցին։
Վահանի վերջին խոսքերը, որոնք նա գրեց մահապատժի նախօրեին, հետևյալն էին․ «Բացարձակապես անմեղ եմ։ Կեցցե՜ հայ ժողովուրդը»։
